El programa de Magíster en Ciencias con mención en Matemáticas tiene una duración de dos años y contempla un primer año de formación básica avanzada (Algebra, Análisis y Topología) y luego un segundo año asignaturas avanzadas,  relacionadas más cercanamente con las áreas en que  trabajará cada estudiante y que se eligen dentro de las líneas que se desarrollan en el Instituto.